Pomysł przejęcia Egiptu i uczynienia go prowincją Republiki pojawił się w Rzymie jeszcze w II w p.n.e. Sprawa egipska na dobre wróciła „na forum” kilkadziesiąt lat później w latach 60-tych p.n.e.
Wtedy to Egipt targany był wewnętrznymi sporami. W roku 65 p.n.e. trybuni plebsu, wśród nich Publiusz Serwilliusz Rullus, przyszły trybun na rok 63 zaproponował uczynienie z Egiptu prowincji. Wtedy jednak sprzeciwił się temu Marek Tulliusz Cycero dowodząc, że Egipt zostanie zawłaszczony na poczet rozdziału ziemi dla weteranów, podzielony i sprzeniewierzony. Swoją opinię wyraził w mowie o prowincjach konsularnych. Stanowisko to popierał, między innymi Gnejusz Pompejusz.
W roku 57 p.n.e. z Egiptu zbiegł król Ptolemeusz Aulet i przebył do Rzymu prosząc o pomoc w przywróceniu go na tron. Gnejusz Pompejusz zdecydował się udzielić mu pomocy. Był on jego gościem i zamieszkiwał nawet w domu Pompejusza na drugim brzegu Tybru, jako że koronowane głowy nie miały prawa mieszkać w obrębie pomerium.
Senat w sprawie Egiptu podzielony był na dwa obozy. Marek Licyniusz Krassus jeszcze sprawując urząd cenzora dążył do tego, by Egipt uczynić prowincją. Za tym samym opowiadała się część senatorów reprezentujących bardzo zróżnicowane stronnictwa, wśród nich optymata Lucjusz Marcjusz Filippus, Quintus Lutatius Katullus czy Publiusz Serwiliusz Watia Izaurykus, syn imperatora, sprzyjający później popularom. Teraz senatorowie sprzeciwiający się udzieleniu pomocy Egiptowi w swej argumentacji sięgnęli nawet po księgi sybillińskie. Księgi, czymkolwiek one były, zawierały proroctwa, które przestrzegały przed tym, aby nie wesprzeć działań mających na celu przywrócenie na tron Egiptu Ptolemeuszy.
Wśród osób, które uważały, że Egipt powinien zostać wolnym krajem, znaleźli się naturalnie Gnejusz Pompejusz, a wspierał go Marek Tulliusz Cycero. Jeżeli wydaje nam się, że ich stanowisko jest szlachetne i zasługujące na pełne poparcie, nic bardziej mylnego.
Pompejusz był już wówczas największym rzymskim zdobywcą „nad światem zamieszkałym”, które to słowa wyszyte były na jego proporcu podczas triumfu w roku 61 p.n.e. Jego poczynania na wschodzie niepokoiły Senat, który nie wyraził zgody na przydział ziemi dla jego weteranów i jego zarządzenia dotyczące wschodnich terytoriów.
Senatorowie doskonale zdawali sobie sprawę, że Egipt będący prowincją stanie się nieosiągalny dla Pompejusza, tymczasem Egipt słaby i rozrywany przez stronnictwa będzie łatwym kąskiem dla wszechwładnego imperatora. Starali się więc ukrócić jego zapędy. Wówczas największymi oponentami Pompejusza byli Marek Licyniusz Krassus oraz Gajusz Juliusz Cezar, który z przyjemnością objął prokonsulat obu Galii. Nie można wykluczyć, że oddając mu pod zarząd tak olbrzymie terytorium, senatorowie, a wśród nich Pompejusz, być może liczyli, że zyskujący coraz większą popularność Cezar polegnie w walkach na pograniczu, a w każdym razi straci majątek. Kolejnym powodem, by pozostawić Egipt w spokoju, była kwestia długów rzymskich. Wielu bogatych Rzymian udzieliło potężnych pożyczek Ptolemeuszowi, i pozostawienie go na tronie stanowiło gwarancję ich odzyskania. Z drugiej strony, Ptolemeusz łapówkami wręczonymi politykom rzymskim oraz darem dla Senatu w wysokości 6000 talentów wymógł udzielenie mu pomocy.
Pompejusz wzbraniał się przed oficjalnym przystąpieniem do działań w Egipcie. Gdy prokonsulem Syrii został Aulus Gabiniusz, jak głoszą źródła, Pompejusz nakazał mu maszerować do Egiptu, ale stało się dopiero wówczas, gdy Gabiniusz miał szanse podbić wówczas osłabiony kraj Partów. Jednak oficjalnie nie uczynił zbyt wiele, aby wesprzeć działania Gabiniusza. Dopiero Ptolemeusz wywierał osobiście naciski na Gabiniusza, by ten zdecydował się zaangażować w sprawy egipskie, co kosztowało Egipt 10.000 talentów. Gabiniusz podzielił się z Krassusem i z Cezarem.
Gabiniusz nie był ani zasłużonym dowódcą, ani nie miał szczególnego doświadczenia w walce. Nie miał nawet ochoty, ani wystarczających sił by angażować się w działania w Egipcie. Jednak wyprawa zakończyła się sukcesem. Zdaniem Plutarcha wszystko to zawdzięczał on zaangażowaniu młodego Marka Antoniusza. Nie wiemy nic o tym, by Marek wsławił się do tej pory jakimiś dokonaniami militarnymi, ale pochodził z doskonałego rodu, a przede wszystkim był związany politycznie z działaniami Publiusza Klodiusza Pulchera. Ten z kolei walczył w Senacie i na ulicach Rzymu na rzecz Krassusa i przeciwko Pompejuszowi. Zdaniem historyków Antoniusz został podesłany przez Pulchera, być może dlatego, aby czuwać nad przebiegiem działań wojennych i słać raporty. Pulcher, nota bene mąż Fulvii, która w przyszłości miała zostać żoną Marka Antoniusza, już wcześniej zdołał przyłączyć Cypr do Rzymu doprowadzając do samobójstwa brata obecnego króla na uchodźstwie.
W każdym razie Markowi Antoniuszowi udało mu się pokonać pustynię i trzęsawiska w przesmyku łączącym Azję i Afrykę, podbić miasto Peluzjum, dotrzeć do Aleksandrii i odzyskać tron dla Ptolemeusza. Już wtedy dał się poznać, jako wspaniałomyślny wódz, gdy zabronił rzezi mieszkańców miasta, której miał zamiar dokonać Ptolemeusz. Dodać także należy, że w międzyczasie Antoniusz wraz z Gabiniuszem przyczynił się do uciszenia zamieszek w Judei, która była rozerwana przez stronnictwa walczące między sobą na skutek przetasowań, jakich dokonał tam swego czasu Pompejusz. Po opuszczeniu Egiptu Antoniusz udał się natychmiast do Juliusza Cezara, swego dalszego wuja, który był zajęty podbojem Galii.
Ptolemeusz wrócił na tron zabijając swą córkę Berenikę. Uczynił jednak „ministrem” egipskiego skarbu niejakiego Gajusza Rabiriusza Postumusa. To on udzielił wielkich pożyczek Ptolemeuszowi Auletowi. Jego bezwzględne działania w zakresie ścigania podatków tylko pogorszyły sytuację króla, który w 52 roku p.n.e przyjął, jako koregentkę swą najstarszą córkę Kleopatrę. Rabiriusz został usunięty.
Po powrocie do Rzymu Gabiniusz został oskarżony o opuszczenie prowincji Syrii. Pompejusz go wspierał, jednak nie na tyle skutecznie, by ustrzec przed kolejnym oskarżeniem. Gabiniusz został oskarżony ponownie i schronił się w Illyrii, a następnie podczas wojny domowej stanął po stronie Cezara. Obok Pompejusza to Krassus wspierał obronę Gabiniusza. Nie można się oprzeć wrażeniu, że Pompejuszowi wcale nie zależało na obronie Gabiniusza. Zapewne nawet nie przypadły mu do gustu jego nieoczekiwane zwycięstwa. Skoro nie pragnął jego zwycięstwa, dlaczego w ogóle go wysłał?
Pompejusz często dopuszczał do władzy słabych stronników, na których mógł wywierać wpływ. Gdyby Gabiniusz jednak poniósł klęskę w Aleksandrii, a sytuacja w Egipcie uległaby pogorszeniu, Pompejusz tym razem za zgodą Senatu mógłby osobiście wkroczyć do Aleksandrii, jako nowy zbawca, co byłoby ukoronowaniem jego sławy i potwierdzeniem jego nieoficjalnego przydomka, Neos Alexandros. Egipt byłby kolejnym krajem, który znalazłby się po jego kontrolą. Taka perspektywa musiała co najmniej niepokoić jego przeciwników, w tym Krassusa. Gdyby Pompejusz przejął kontrolę nad Egiptem, zostałby jedynym dysponentem egipskich bogactw. Nie tylko mógłby karmić Rzym egipskim ziarnem. Otrzymałby również nieograniczony dostęp do wschodnich szlaków handlowych. Należy wspomnieć, że w owym czasie Pompejusz sprawował stanowisko pretora annonae, czyli nadzorującego rozdział ziarna, a to było związane z kontrolowaniem portów. Sukcesy Gabinusza i Antoniusza ewidentnie pokrzyżowały mu plany. Ciekawostką może być, że Plutarch podaje stanowisko pewnego historyka, niejakiego Timagenesa, według którego „Ptolemajos ustąpił i opuścił Egipt za namową Teofanesa, który w ten sposób chciał Pompejuszowi podsunąć nowe źródło dochodów i dowództwa.” Plutarch nie daje temu wiary zasłaniając się niejako nieskazitelnym charakterem Pompejusza.
Egipt pozostał niezależnym państwem, ale w praktyce nadal targany był niepokojami. Po śmierci Auleta w 51 r p.n.e. przez następne 22 lata rządziła nim niemalże niepodzielnie Kleopatra. Początkowe starcia z młodszym rodzeństwem zostały ukrócone wraz ze śmiercią starszego z braci, a zarazem jej męża, wówczas nastoletniego Ptolemeusza zwanego później XIII. Zginął on podczas oblężenia Aleksandrii wiosną 47 roku p.n.e., gdy wojska pod dowództwem Achillasa próbowały przegonić Cezara, co było poprzedzała próba zamachu na Cezara. Egipt dobrze prosperował pod rządami królowej, która później rządziła wraz z Markiem Antoniuszem.
Ostatecznie, po zwycięstwie pod Akcjum w 31 roku p.n.e. Oktawiana, adoptowanego syna Juliusza Cezara, i po śmierci Marka Antoniusza oraz Kleopatry w sierpniu 30 r p.n.e. Egipt przeszedł pod kontrolę Rzymu. Stał się prowincją wtedy jeszcze Republiki rzymskiej i zarządzany był przez namiestnika (prefectus). Pierwszym prefektem był pochodzący z Forum Iulium, dzisiejszego Forli, Gajusz Korneliusz Gallus.
Przytoczone fakty stanowią jedynie część bardzo złożonych stosunków pomiędzy obu krajami. Drobiazgowa analiza możliwych do wyśledzenia powiązań interpersonalnych prowadzi do wniosku, że wschód od dawna był obszarem nieoficjalnej walki o wpływy w Rzymie. Egipt z kolei był osią, wokół której kręciły się sprawy Rzymu jeszcze na długo przed tym, zanim stał się sceną dla romansów Juliusza Cezara i Marka Antoniusza.
