Historia legionu XIII jest bardzo długa i sięga czasów wojny galijskiej. Legiozostał sformowany przez samego Gajusza Juliusza Cezara w 57 roku p.n.e. i brał udział w wielu jego kampaniach. Jego symbolem był lew. Legion walczył pod Gergowią w 52 roku p.n.e., pod Farsalos w 48 p.n.e., Utyką w 47 p.n.e., oraz Thapsus w 46 p.n.e. Znamiennym jest fakt, iż to właśnielegio XIII jako pierwszy przekroczył granice Italii na Rubikonie w 48 roku p.n.e. na czele z Cezarem, rozpoczynając tym samym wojnę z Senatem.
W roku 45 p.n.e. weterani z legionu XIII zostali zwolnieni i otrzymali przydziały ziemi od Cezara, a sama jednostka faktycznie przestała istnieć, ale nie na długo. Bowiem w 41 roku p.n.e. Oktawian August odtworzył legion z części starych żołnierzy oraz nowych rekrutów. Jednostka brała udział w walkach przeciw Sekstusowi Pompejuszowi oraz biła się przeciw Markowi Antoniuszowi pod Akcjum w 31 roku p.n.e. W czasie reorganizacji armii Imperium przez Augusta legion XIII otrzymał przydomek Gemina. W latach 30 – 16 p.n.e. legion stacjonował w Illirii nad Adriatykiem. Podczas zajmowania terenów alpejskich „Trzynastka” została przesunięta do Emony, a w latach 6- 9 n.e. brała udział w tłumieniu rebelii w Panonii i Illirii. W 9 roku n.e. legion został przeniesiony doAugusta Videlica, stamtąd zaś w roku 16 n.e. przeniósł się do Vindonissy w celu stworzenia bazy mającej chronić przełęcze alpejskie przed ewentualnym zagrożeniem germańskim. Gdy w roku 43 n.e. cesarz Klaudiusz wyruszył na podbój Brytanii legio XIII miał kolejną dyslokację, tym razem do Panonii, do Poetovio. W roku 69 n.e. XIII Gemina walczył w wojnie domowej po stronie cesarza Othona przeciw Witeliuszowi.
W roku 89 n.e. kończy się stacjonowanie legionu XIII w Poetovio, zostaje przerzucony do Vindobonny, gdzie buduje bazę wojskową. Jednostka walczyła w roku 92 n.e. w kampanii przeciw Sarmatom, później wzięła udział w podboju Dacji przez Trajana. Została też szybko przesunięta, do nowo zdobytej prowincji, gdzie miała swoją kwaterę w Apulum od 106 aż do 268 roku n.e. W międzyczasie legion walczył z Trajanem przeciw Partom oraz po stronie Septymiusza Sewera w 194 roku n.e. w walce o tron.
Pomiędzy rokiem 268 a 271 n.e. prowincje w Dacji zostają ewakuowane z rozkazu cesarza Aureliana i XIIIzostaje przeniesiona do swojej niegdysiejszej siedziby w Poetovio, a następnie do Ratiarii w nowej prowincji – Dacji Ripensis utworzonej na terenach Mezji. Istnienie legio XIII Gemina dobiegło końca około roku 400 n.e., w związku z brakiem zaopatrzenia i pieniędzy na żołd oraz ogólnej dezorganizacji armii. Jednostka uległa rozproszeniu, a jej żołnierze skończyli służbę. Do dziś nie wiadomo, co stało się z legionowym orłem.
